Le Parc National de Kahuzi-Biega est subdivisé en deux zones reliées par un corridor étroit : la forêt ombrophile de montagne (ou forêt afro-montagnarde) d’une part, et la forêt ombrophile de plaine (guinéo-congolais, type relativement humide) d’autre part. C’est une des rares régions africaines où la transition entre ces deux types de forêts pluviales est restée en grande partie intacte.

Jusqu’à présent, plus de 1178 espèces de plantes ont été recensées en haute altitude, ce qui en fait le troisième site du Rift Albertin en terme de richesse spécifique, après le Parc national des Virunga en RDC et la forêt impénétrable de Bwindi en Ouganda. Par contre, la flore de basse altitude reste encore peu connue.
L’inventaire des espèces endémiques au Parc National de Kahuzi-Biega est loin d’être achevé, et l’on découvre encore de nombreuses nouvelles espèces appartenant essentiellement aux familles des Balsaminacées, Orchidacées, Violacées, Euphorbiacées, Araliacées, Anacardiacées, et plusieurs autres familles avec une seule espèce déterminée (Fischer, 1995).

La partie montagneuse du Parc est recouverte d’une végétation essentiellement forestière, au sein de laquelle se trouvent d’autres formations liées à des conditions édaphiques particulières : sols hydromorphes, marécageux, inondés, ou de cuirasses latéritiques.
Selon leur physionomie et leur composition floristique, en fonction de l’altitude, les forêts du PNKB se différencient en étages planitiaires (678- 1250 m), sub-montagnards (1250-1700 m), montagnards (1700-2600 m) et afro-subalpins (2600-3308 m) (Mangambu et al.2013).

Le couvert végétal protégé du Parc a un effet régulateur sur le régime hydrologique de la région. Il assure notamment la protection des bassins versants. Par ailleurs, la couverture forestière exceptionnelle du PNKB constitue un important puits de carbone contribuant à la lutte contre le changement climatique au niveau mondial.